Początki klasztoru sięgają roku 1631, gdy Prosper z Galbiato – komisarz kustodii wielkopolskiej – udzielił zgodę na założenie klasztoru w Toruniu. Upatrzonym miejscem przez zakonników był kościółek św. Wawrzyńca, który znajdował się na Chełmińskim Przedmieściu(w rejonie dzisiejszego Muzeum Etnograficznego). W 1641 r. bracia zakonni zajęli świątynię i sąsiedni domek ale 12 czerwca zostali zmuszeni przez straż miejską do opuszczenia tychże zabudowań. Reformaci zamieszkali wówczas w kamienicy należącej do biskupa Działyńskiego, który dał im schronienie w niej na dłuższy czas. W kwietniu 1642 roku Stanisław Sokołowski – kasztelan bydgoski i starosta dybowski – wniósł suplikę do kapituły zakonnej w Warszawie o założenie konwentu w swoich dobrach. O. Franciszek ab Aquila – komisarz reformatów – udzielił zgody i zlecił jak najszybsze przystąpienie do prac budowlanych. Pierwszym prezesem konwentu toruńskiego został o. Ignacy Mierczyński. Ostatecznie fundację zatwierdził Władysław IV 20 maja 1644 r., zaś 21 czerwca swoją zgodę wyraził bp Mikołaj Wojciech Gniewosz z Oleksowa – rządca diecezji włocławskiej – na której terenie znajdował się Podgórz aż do rozbiorów. W nawiązaniu do rozporządzeń papieży Grzegorza XV i Urbana VIII w konwencie miało przebywać przynajmniej 12 zakonników. Realizacja dekretów nastąpiła już w szybkim tempie i 3 października 1644 r. odbyła się uroczystość wprowadzenia zakonników do prowizorycznych zabudowań klasztoru podgórskiego. Fundator okazał zgromadzonym odnośne przywileje i zabrano się do wytyczania granic gruntów pod budowę kościoła i klasztoru, cmentarz, ogród i stawy rybne. Poświęcono prowizoryczną kaplicę i ustawiono pamiątkowy krzyż. Niestety rozpoczęte dzieło zostało zahamowane w wyniku zgonu fundatora w 1649 roku, a także jego następcy Stanisława Konstantego Zapolskiego, króey obiecywał wypłatę 2000 florenów rocznie. Za urzędowania prezesa o. Ignacego Mierczyńskiego zdążono wznieść drewniane zabudowania klasztorne i kaplicę, które jednak prędko spłonęły, ponadto położono fundamenty pod budowę kościoła. Jego następca odbudował tymczasowy klasztor , założył ogród warzywny i wzniósł „chór mniejszy”(wschodnią część prezbiterium) kościoła. Pierwszy gwardian – o. Mikołaj Noskowski – prowadził prace budowlane w części klasztoru obejmującej infirmerię (umieszczona przy klasztorze pełniła nie tylko rolę szpitala , ale też przytułku dla ludzi starych i ubogich), lecz wybuch zarazy wpłynął na wstrzymanie wszelkich robót. Jego następca kontynuował budowę kolejnej partii budynku klasztornego i wzniósł ściany „chóru większego” aż do szczytu. W latach szwedzkiego potopu pożar strawił cele zakonne. W 1658 roku podczas oblężenia przez wojska polskie załogi szwedzkiej w Toruniu, w niedokończonym klasztorze od początku września aż do 5 listopada zamieszkała dla bezpieczeństwa królowa Ludwika Maria wraz ze swoim dworem. Krótko towarzyszył jej również król Jan Kazimierz. Z racji pobytu w podgórskim klasztorze monarcha ślubował ufundowanie ołtarza świętych Piotra i Pawła, natomiast jego małżonka i dwór ołtarzy bocznych, jednak do realizacji nie doszło. 22 czerwca 1659 roku odbyła się ceremonia konsekracji świątyni pod wezwaniem św. Piotra i Pawła, której dokonał biskup Stefan Kazimierz Charbicki – sufragan lwowski i prepozyt kapituły katedralnej we Włocławku. Pierwotny ołtarz główny nosił wezwanie Najświętszej Marii Panny i św.Piotra i Pawła, ołtarze boczne zostały poświęcone św. Franciszkowi i innym świętym zakonnym, natomiast drugi – św. Antoniemu i patronom Królestwa Polskiego. Podczas dwuletniej kadencji gwardiana o. Placyda Pariciusa w 1660 r. wzniesiono murowaną oficynę i szczyt kościoła, a następnie krużganki wokół wirydarza i bramę wjazdową, ukończono zachodnie skrzydło klasztorne, urządzając cele klasztorne, bibliotekę, garderobę. W kościele zakończono budowę krypty pod prezbiterium. Nie wiadomo jednak kto był autorem planów budowlanych, które gwardian realizował. Po 1671 roku wzniesiono kaplicę boczną, gdyż nie widać jej na najstarszym widoku świątyni – namalowanym w tymże roku obrazie „Kazanie Chrystusa na łodzi”. Po połowie XVIII w. nastąpiła całkowita wymiana wyposażenia wnętrza kościoła, zgodnie z dyrektywami władz zakonnych, natomiast prace budowlane w klasztorze prowadzono jeszcze pod koniec stulecia.

Obecnie niewiele wiadomo o życiu wewnętrznym i intelektualnym podgórskiego konwentu reformatów. Do jego wybitniejszych członków należeli m. in. Klemens Bolesławiusz – teolog ascetyczny i tłumacz dzieł teologicznych , lektor filozofii w Warszawie i Miejskiej Górce, w 1683 roku kaznodzieja w Podgórzu. W 1724 roku zmarł tutaj Józef Dąbrowski – teolog ascetyczny i moralista, kaznodzieja, wydawca „Godzinek o NMP Królowej Polski”. Jakub Wolski, który zasłynął jako polemista, wykładowca teologii w klasztorach w Warszawie i Poznaniu i prowincjał wielkopolski w latach 1719-1722, w latach 1732-1733 był gwardianem w naszym klasztorze, gdzie też zmarł. Ludwik Poliński, który przez jakiś czas pełnił w Podgórzu funkcję mistrza nowicjatu. Przez klasztor mogło przejść więcej wybitnych jednostek, co pośrednio potwierdza bogaty i zróżnicowany zasób miejscowej biblioteki. Zapewne reformaci podgórscy utrzymywali żywe kontakty z innymi klasztorami swojego zakonu, natomiast brak informacji, czy starali się współpracować z innymi zgromadzeniami, w tym z najbliższymi toruńskimi jezuitami, dominikanami i benedyktynkami. Niemal nie pojawiają się na kartach kroniki bernardynów toruńskich, która notuje ich obecność jedynie przy okazji uroczystości poświęcenia kościoła Mariackiego i pofranciszkańskiego klasztoru w 1724 r. oraz w 1742 r. z racji krótkotrwałego przejścia na Podgórz jednego z zakonników – o. Romana Wróblewskiego.

Po rozbiorach konwent podgórski przetrwał do 25 kwietnia 1832 r. , gdy został zniesiony przez króla Prus Fryderyka Wilhelma III. Po spaleniu kościoła św. Anny przez Francuzów zakonny kościół pełnił jego funkcje, choć oficjalnie parafialnym stał się dopiero z chwilą kasaty. Budowle klasztorne ocalały, mieszcząc na parterze lokalną szkółkę oraz na piętrze mieszkania proboszcza i pracowników kościelnych. 21 października 1834 r. Opuścił to miejsce ostatni reformata brat Zefiryn Zdrojewski. Sporządzony wówczas inwentarz mienia zakonnego zaskakuje skromnością. Większość tych sprzętów, w tym pojedyncze obrazy i krucyfiksy, zakupili wówczas i na początku 1835 r. mieszkańcy miasteczka. Planowano rozbiórkę lub gruntowną przebudowę zabudowań, jednak ostatecznie w 1835r. zburzono tylko dawną piekarnię i poklasztorny browar, a w latach 1837-1842 przeprowadzono remont pozostałych części, zawilgoconych i zdewastowanych. W 1843 r. Nastąpiła wymiana dachu, a w niektórych partiach krużganków zastąpiono sklepienie drewnianym sufitem, w następnym roku zburzono część muru obwodowego. W 1849 r. wystawiono na licytację kościelne łąki i ogrody oraz część sreber pochodzących z poprzedniego kościoła podgórskiego. W 1850 r. budowniczy Zeidler przeprowadził prace remontowe w kościele i klasztorze, połączone z przełożeniem marmurowych flizów posadzki; wówczas zamurowano też nieużywane przejścia, w tym zapewne z piętra klasztoru na dawny chór zakonny oraz część okien na korytarzach. W 1851 r. przeprowadzono remont mniejszej sygnaturki i założono zegar. W 1858 r. znów trzeba było naprawiać dachy. W 1882 r. rozebrane zostały wschodnie i południowe skrzydła krużganku.

Do parafii należało 38 miejscowości, łącznie z filialnym kościołem w Orłowie koło Inowrocławia, a także Rudak i Stawki, zasiedlone przeważnie przez ludność protestancką. Przy kościele działały bractwa: poza najstarszym , Najświętszej Marii Panny, przeniesionym z kościoła parafialnego, także św. Wojciecha (1860), św. Franciszka ( 1862, skupiało rzemieślników i robotników, opiekowało się ołtarzem i zajmowało się organizacją pogrzebów), Matek Chrześcijańskich (1895, polskie i niemieckie) i Najświętszego Serca Pana Jezusa (początkowo niemieckie, założone w 1888 r.), ponadto Bractwo Wstrzemięźliwości, charytatywne Stowarzyszenie Straży św. Józefa ( 1900), Stowarzyszenie Młodzieży Polskiej i Katolickie Stowarzyszenie Robotników Polskich (założone w 1908 r.). W 1893 r. podczas wizytacji arcybiskupa Floriana Stablewskiego uznano, że białe i mocno zakurzone wnętrze kościoła powinno zostać barwnie wymalowane. Dekarz Franz Kraut z Torunia naprawiał wówczas dachy i większą sygnaturkę, ponadto planowano wybrukowanie klasztornego wirydarza. Kolejne odnowienie wnętrza nastąpiło na początku XX w., gdy proboszczem został ks. Józef Domachowski. Jak wynika z raportu inspektora budowlanego Morina z 1901 r. zły był stan zabudowań poklasztornych, podzielonych między plebanię, mieszkania pracowników kościelnych i szkołę. Powrócono do idei przesunięcia ołtarza w głąb prezbiterium oraz proponowano przeniesienie piaskowcowych płyt posadzkowych z chóru do krużganku.

Po I wojnie światowej także nie brakowało problemów. Oprócz tradycyjnych napraw dachów, jednym z nich okazała się w 1924 r. kwestia usunięcia stajni z dawnego pomieszczenia klasztornego, której sąsiedztwo powodowało katastrofalny stan higieniczny budynku. Wysunięto projekt umieszczenia na piętrze mieszkania dla wikariusza, czego wymagał gwałtowny wzrost liczby wiernych w wolnej Polsce. W 1936 r. w trakcie remontu wnętrza wprowadzono oświetlenie elektryczne. W 1935 r. przy parafii działało aż 14 organizacji. Ówczesny proboszcz , ks. Józef Domachowski należał do najwybitniejszych duchownych toruńskich. W roku 1905 objął parafię w Podgórzu i był aktywny w życiu społeczno-politycznym zarówno w czasach zaboru, jak i po odzyskaniu niepodległości. Przeprowadził wiele prac remontowych i dbał o wykonanie licznych sprzętów kościelnych.

24 stycznia 1945 r. kościół i budynek klasztorny zostały poważnie uszkodzone wskutek wybuchu amunicji. Zniszczeniu uległy pokrycie dachów, okna, drzwi i tynki zewnętrzne, straty były poważne zwłaszcza w zachodnim skrzydle klasztoru, gdzie ucierpiał dach, stropy i ścianki działowe pierwszego piętra. Pierwsze powojenne msze w kościele uprzątniętym z gruzów przez miejscowe kobiety zostały odprawione już 2 lutego 1945 r. W maju systemem gospodarczym zostały odbudowane dachy kościelne, zarówno z funduszy państwowych, jak i z dochodu, jaki przyniosła parafialna loteria, w lipcu została odbudowana więźba na budynku klasztornym, a w grudniu plebania była gotowa do zamieszkania. Po raz kolejny zmieniono układ ścian działowych na piętrze. W 1947 r. zrekonstruowano dębowe ramy okienne w kościele. Na południe od klasztoru powstał skromny „Dom Katolicki”, mający służyć imprezom parafialnym, wzniesiony z materiału uzyskanego z rozbiórki wojskowego baraku. W 1949 r. zostały naprawione tynki, a rok później wykonano ogrzewanie powietrzne wnętrza, adaptując na kotłownię kryptę pod prezbiterium. Część powojennych prac remontowych subsydiowały władze wojewódzkie. Prowadzono prace mające na celu zlikwidowanie wilgoci zagrażające murom budowli. Około 1949r. zlikwidowano wieżyczkę zegarową przy zachodnim szczycie kościoła, już dwa lata wcześniej grożąca zawaleniem. Jak wskazywała data na metalowej chorągiewce, została wystawiona w 1753r. Po latach zrekonstruowano ją w 2003r. Na podstawie przekazów fotograficznych. W 1947r. wieżyczka – sygnaturka była wychylona od pionu i spróchniała, w 1950r. trzeba było zdjąć dzwon i niezbędne okazało się podjęcie prac remontowych, co zrealizowano w 1951r. W 1950 r. odnowiono wnętrze kościoła, a w latach 1951-52 zdjęto przemalowania z ołtarzy, odnowiono tabernakulum i część obrazów. W latach 1954-55 przeprowadzono akcję porządkowania podziemi kościoła, przy tej sposobności odnalezione kości z dawnych pochówków złożono na terenie przykościelnym, na północ od prezbiterium, co później upamiętniono odpowiednią płytą nagrobną. Na jubileusz 300-lecia konsekracji (obchodzony 22 lipca 1959r.) odnowiono kruchtę, krużganek klasztorny i dach kościoła. W 1961 r. w niewykorzystywanym już domu katolickim urządzona została kostnica, a ponadto starano się zwalczyć wilgoć, która zagrażała murom kościoła i klasztoru. W 1966r. odmalowano krużganki i odnowiono tynki na budynku parafialnym, w 1971r. Remontowano posadzki,a w 1973r. ponownie zostały odnowione elewacje.

1 lipca 1987r. na mocy decyzji prymasa Polski kardynała Józefa Glempa do klasztoru powrócili franciszkanie, których zasługą jest prowadzona od 1991r. gruntowna renowacja zabudowań i ponowna adaptacja budynku klasztornego na cele zakonne, jak również melioracja i odwodnienie gruntu. Po 1991r. przeprowadzono restaurację wirydarza klasztornego wg. projektu Henryka Pawłowskiego, odtwarzając brakujące skrzydła krużganków od strony wschodniej i południowej oraz sklepienie w jednym z pomieszczeń w skrzydle wschodnim. W latach 2002-2003 odnowiono dach kościelny i wieżyczkę, we wrześniu 2006r. przystąpiono do remontu elewacji świątyni. Przy klasztorze zawiązały się różnorodne stowarzyszenia dla osób świeckich. Rozwija się życie liturgiczne, a także pojawiły się charakterystyczne dla pobożności zakonnej okazałe żłobki bożonarodzeniowe. W związku z reorganizacją administracji kościelnej w Polsce Podgórz od 1992r. należy do utworzonej wówczas diecezji toruńskiej.

Źródło: Jerzy Domasłowski „Kościół Świętych Piotra i Pawła i klasztor franciszkanów (dawniej reformatów) na Podgórzu w Toruniu”